児童生徒の自殺が起きたときには、学校は学校設置者に「児童生徒の事件等報告書」を提出することになっています。
児童生徒が自殺したとき、その背景に不適切な指導があった場合、日本スポーツ振興センターによる死亡見舞金の支給の対象になります。
児童生徒が自殺をした場合、文部科学省が定める「児童生徒の自殺が起きたときの背景調査の指針」では、全件で「基本調査」が行われます。基本調査というのは、自殺した時点で学校が持っている情報を整理するものです。その中で、少なくとも、「学校生活に関する要素」（「学業不審」「進路問題」「不登校又は不登校傾向」「原級留置」「教職員からの指導」「懲戒等の措置」「転校等」「友人の転校等」「教職員との関係での悩み」「いじめの問題」「異性問題」「暴力行為」「暴力行為以外の素行不良」「指導困難学級」など）が背景に疑われる場合は、「詳細調査」に移行ができます。体罰や不適切な指導などが調査対象となるケースなどでは，教職員以外の第三者による中立的な調査も必要となります。
まず、遺族用の説明が文書で渡されることになっています。
指針ではフロー図が書かれています。
基本調査では、様式２で示された内容が調査されることになっています。
基本調査が終わると、詳細調査に移行することができます。その際には「詳細調査等に係る意向確認書」にサインします、。
調査が終わると、文科省に報告がされます。それを年度ごとにまとめたものが「問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査」です。この中で「自殺（学校から報告があったもの）」があり、「自殺した児童生徒が置かれていた状況」で、「体罰・不適切指導」に分類されます。ただし、あくまでも調査であがってきたものだけが数値化されます。